Первые сведения о создании церковно-приходской школы в деревне Коткозеро Олонецкого уезда относятся к середие XIX века.

1874 год - открытие в Коткозере двухкласного земского училища - первой светсокй начальной школы.

1920 год - создание четырехклассной школы начального обучения

1932 год - открытие пятиклассной школы колхозной молодежи

1936 год -  создание в деревне Коткозеро семилетней общеобразовательной школы

1955 год - преобразование Коткозерской семилетней школы в среднюю общеобразовательную

1990 год - ввод современного здания новой школы в селе Коткозеро

1992год - Коткозерская средняя школа переименована в экспериментальную школу-комплекс, начало опытно- экспериментальной деятельности по заданию РАО

1997год - преобразование экспериментальной школы-комплекса в Коткозерский сельский социокльтурный комплекс

1998год - присвоение школе статуса Федеральной экспериментальной площадки Минобразования России

2001год - преобразование учреждения в МОУ «Центр образования села Коткозеро Олонецкого района», присвоение статуса «Авторская экспериментальная школа»

2002год - создание на базе учреждения Инновационного ценьра повышения квалификации «Сельская школа для всех»

2003год - присвоение школе награды «Знак качества образования» Министерством образования Российской Федерации

Апрель 2005года - присвоение МОУ «Центр образования села Коткозеро Олонецкого района» диплома «Школа года(Минобразования и науки РФ)

Октябрь 2005 года- Преобразование учреждения в МОУ «Коткозерская средняя общеобразовательная школа»

С 1 января 2012 г. - на основании распоряжения Администрации Олонецкого национального муниципального района от 15.06.2011 МОУ "Коткозерская средняя общеобразовательная школа" переименована в Муниципальное казенное общеобразовательное учреждение "Коткозерская средняя общеобразовательная школа"